Baulieu a szteroid hormonokkal kapcsolatos munkásságáról és az RU-486 abortusztabletta feltalálásáról vált világszerte ismertté. Kutatómunkáját „a tudomány által lehetővé tett haladás iránti elkötelezettsége, a nők szabadsága iránti elkötelezettsége és az a vágya jellemezte, hogy minden ember jobban és hosszabb ideig élhessen” – magyarázta Simone Harari Baulieu, a felesége.
1982-ben fejlesztette ki az RU-486 abortusztablettát. Ez a találmány világszerte nők millióinak életét forradalmasította azáltal, hogy lehetőséget kínált számukra az önkéntes orvosi abortuszra. Baulieu-t ezért rendszeresen kemény kritikák és fenyegetések érték az abortuszellenes aktivisták részéről. A kutató a depresszió kezelésére is kifejlesztett egy kezelést.
Baulieu-t Lasker-díjjal tüntették ki, amely az Egyesült Államok legmagasabb tudományos kitüntetése. Kétszer nősült. Három gyermeket, nyolc unokát és kilenc dédunokát hagyott maga után.
